Научно-исследовательский институт детской курортологии, физиотерапии и медицинской реабилитации был основан в Евпатории ещё в Советском Союзе в августе 1978 года как московский филиал НИИ детской курортологии и физиотерапии на базе детских санаториев «Юбилейный», «Искра», «Здравница» и «Южный».